清洗過(guò)程中加入殺菌劑可大幅度提高清洗效率。為了保持果蔬清洗后仍具有良好的價(jià)值及避免殺菌劑成分的殘留或與其他有機(jī)物反應(yīng)生成有害的副產(chǎn)物引起果蔬清洗所帶來(lái)的“二次污染”，因此，選擇果蔬清洗殺菌劑必須考慮以下因素。
（1）對(duì)主要病原菌（細(xì)菌、真菌、酵母菌）具有殺菌作用 常見(jiàn)的病原菌如李斯特菌、金黃色葡萄球菌及大腸桿菌等，果蔬清洗殺菌劑應(yīng)對(duì)其具有殺菌作用。
（2）安全性高 許多具有很強(qiáng)殺菌力的殺菌劑（如季銨鹽等）并不適用于果蔬清洗，容易造成食品“二次污染”，如致癌問(wèn)題等，因此不得用于果蔬清洗。
（3）不與食品中化學(xué)成分發(fā)生反應(yīng) 由于果蔬原料富含各種有機(jī)物，因此所選殺菌劑不能與有機(jī)物反應(yīng)而失效，造成無(wú)法達(dá)到有效的清洗消毒的目的。
（4）無(wú)有害物質(zhì)殘留 選用的除了要方便使用外，最重要的是要方便去除，不能殘留或有些殺菌劑會(huì)與有機(jī)物生成鹵化物形式的有害物質(zhì)殘留，產(chǎn)生食品安全問(wèn)題。
（5）不能影響產(chǎn)品原有的品質(zhì) 所選的殺菌劑除了能有效降低微生物危害外，不得使產(chǎn)品的組織、色澤及風(fēng)味產(chǎn)生變化，影響產(chǎn)品原有的品質(zhì)。