一個制藥工程項目從計劃建設到交付生產一般要經歷以下基本工作程序:項目建議書→批準立項→可行性研究→設計任務書→初步設計→設計中審→施工圖設計→施工一試車→竣工→驗收→交付生產。
上述工作程序大致可分為3個階段:藥廠設計前期、藥廠設計期、藥廠設計后期。藥廠設計前期主要包括項目建議書、可行性研究和設計任務書；藥廠設計期主要包括初步設計和施工圖設計；施工、試車、竣工驗收和交付生產等，統稱為藥廠設計后期。
藥廠設計人員應按照設計工作基本程序開展工作，但由于工程項目的生產規模、所處地區、建設資金、技術成熟程度和設計水平等因素的差異，設計工作程序可能有所變化。例如，對于一些技術成熟又較為簡單的小型項目（小型制劑生產廠、個別生產車間或設備的技術改造等），工程技術人員可按設計工作的基本程序進行合理簡化，以縮短設計時間。藥廠車間工藝設計的基本過程一般分為初步設計和施工圖設計兩個階段；對于技術復雜或缺乏設計經驗的重大項目，經主管部門和業主確定，可在設計前期之后進行設計期的工作；技術簡單的小型項目，在初步設計確定后即可進行施工圖設計。
藥廠工藝設計是制藥工程設計的主要環節，工藝設計的好壞直接影響生產和技術的合理性，并且與建設費用、藥品生產質量、產品成本、勞動強度等都有密切的關系，同時工藝設計又是其他非工藝設計的依據。
藥廠車間工藝設計的主要內容有:
（1）確定生產工藝流程
（2）進行物料計算。
（3）工藝設備選型和計算。
（4）車間工藝設備布置。
（5）確定勞動定員及生產班制
（6）車間水、電、氣（汽）、冷公用工程用量的估算。
（7）管路計算和設計
（8）設計說明書的編寫
（9）概預算的編寫。
（10）非工藝項目的設計。
通過藥廠工藝設計，應使制藥生產車間在工藝技術、設備布置和選型、勞動組織等方面能保證設計項目投產后正常生產、經濟適用，符合GMP，并在產品的數量上和質量上達到設計要求。