一、藥廠廠房發酵系統的無菌空氣系統
藥廠發酵生產所用菌種一般為好氧菌，只有保證培養液中一定的溶解氧，菌種才能正常生長及有效生產，因此無菌空氣的連續供應是十分必要的。無菌空氣一般由空壓站供給已除油除水的壓縮空氣，至藥廠發酵廠房壓力約0.2MPa。壓縮空氣經車間總過濾器初濾后進入車間，分別經預過濾及精過濾（過濾精度0.01μm）進入種子罐、發酵罐。對于由藥廠廠區空壓站集中供氣的發酵車間，由于空氣經長距離輸送溫度降低，相對濕度增大，而總空氣過濾器及預過濾器的過濾介質一般均為親水性濾材，空氣中濕度過大會使過濾效率降低，因此，在進車間總過濾器前一般需加設套管加熱裝置，使空氣溫度升高至適當溫度再進入車間過濾系統。車間內每一級種子罐和發酵罐的空氣管路均為獨立主管（由車間主管引出的次主管），然后分別經無菌過濾后進入單臺設備。補料系統用無菌空氣一般不與種子罐或發酵罐共用次主管系統，亦由車間主管接出次主管經無菌過濾后至補料設備。考慮到補料系統的運作基本是連續的，設計時應根據生產要求的滅菌頻次及補料種類、補料操作特點決定補料用空氣過濾器系統的數量。
二、藥廠廠房發酵系統的滅菌蒸汽系統
滅菌處理過的培養基和無菌壓縮空氣是發酵生產的兩大基本要素，而蒸汽滅菌系統則是整個生產無雜菌化的有力保障。飽和蒸汽主要用于工藝設備和管路系統（包括空氣過濾器）的滅菌及物料（包括培養基和發酵過程補料）滅菌。作為滅菌用蒸汽，其接入設備和管路的基本原則就是要使設備及管路在滅菌過程中不留死角且排氣順暢。而且，由于發酵生產是連續的，而滅菌操作是間歇性的，配管設計時一定要保證滅菌操作時不致影響其他設備的正常生產。空氣過濾系統由于預過濾器耐溫、耐濕性能不足，蒸汽滅菌配置時，一般只對無菌空氣精過濾器進行滅菌，而與預過濾器設閥門隔開。
三、藥廠廠房發酵系統的管道連接方式
藥廠廠房的發酵過程管道連接方式有三種:螺紋連接、法蘭連接和焊接。螺紋連接不得用于發酵過程無菌管道，因為無菌管道會因加熱滅菌和震動使活接頭接口松動，使密封面不嚴密。法蘭連接方式密封可靠，壓力、溫度的適用范圍比較廣，必須注意的是墊片的內圓必須和法蘭內徑吻合，以增加管道熱膨脹時嚴密性。此外，墊片的內圓過大或過小易積存物料，造成堆積，形成死角。接觸料液的管路，其法蘭墊圈不要用石棉板材質，因其在使用過程中會發生老化分層現象而形成死角，最好采用耐腐蝕且光滑的聚四氟乙烯材質。焊接方式連接無菌管道效果很好，但焊口要求光滑、嚴密。無縫鋼管和不銹鋼管的彎頭用冷彎成形為好，因為灌砂熱彎的彎頭部分內壁比較粗糙，易形成死角。熱彎管在安裝前須仔細清砂。