對于藥廠潔凈室來說，為了滿足空氣潔凈度的要求，是必須相應的隔離措施的，而分區是平面規劃上防止污染和交叉污染的有效措施之一，隔離也是這種有效措施之一，特別是防止由空氣流動引起的污染和交叉污染的有效措施之一。
根據空氣潔凈技術原理，隔離的概念可以歸結為三種:
物理隔離——利用平面規劃時設置的抗滲性屏障，對可能引起污染和交叉污染的空氣流動進行物理阻隔。
靜態隔離——即壓差隔離。在平面規劃時，把需正壓或負壓大的房間設在盡頭或中心。
動態隔離——即流動氣流隔離。在平面規劃時，在有常開洞口的區域考慮動態隔離。
一、藥廠潔凈室的靜態隔離
通過在兩個相鄰區域之間建立壓差，可防止污染由于某種因素的帶動而通過區域間的縫隙或開門瞬間，由低壓一側進入高壓一側。
潔凈室的靜壓差實質上是在該室門窗關閉條件下，定量空氣通過門窗等縫隙向外（內）滲透的阻力。縫隙越小，滲過定量空氣需要的壓差△越大，此時通過縫隙的速度也越大，如通過某小縫隙時在5Pa壓差下的滲透量和某大縫隙在1Pa壓差下的滲透量若相同，則通過小縫隙的速度將要大2.23倍。
二、藥廠潔凈室的動態隔離
對于一個常開的洞口來說，要靠壓差來抵擋洞口另一側的污染是不現實的，例如，一個0.2m×0.2m的洞口，當其兩側房間維持5Pa壓差時，通過該洞口從一邊流向另一邊的空氣量將達到416m3/h，對于不是很大的房間來說，多補充這樣多的新風是很困難的。
當在平而規劃時必須在相鄰區域間開這樣的洞口時，德國最早提出的流動空氣抵抗污染的概念可以被用于這種場合，而最近則被國際標準ISO明確用于隔離污染，并提出通過孔洞的氣流速度應大于0.2m/s。要注意這一速度是不適用于開門這種情況的。之所以采用0.2m/s，是因為除去另一側直接向洞口吹風外，正常的氣流流動速度一般不超過0.2m/s，另一側靠正常氣流流動速度是不容易穿過有速度大于0.2m/s的外流氣流的洞口而進入另一側的。
假定此洞口仍為0.2m×0.2m，則保持0.2m/s的外流氣流速度，兩側只需約0.04Pa的壓差，也就是說兩側壓差小到測不出來，甚至因測定誤差而可能出現負值的結果。
如果在防止來自洞口外的污染的同時還要防止來自與另外相鄰區域的縫隙的污染，則上述這點正壓差是微不足道的，那就要考慮抵擋縫隙滲透的污染，對洞口采取其他措施了。