生物潔凈室和工業(yè)潔凈室的不同之處在于：生物潔凈室不僅依靠空氣過(guò)濾的方法，使送入室內(nèi)空氣中的生物或非生物的微粒數(shù)量受到嚴(yán)格控制，同時(shí)還要對(duì)室內(nèi)器具、地面、壁板等表面進(jìn)行消毒滅菌處理。為此，生物潔凈室除了滿足一般潔凈室要求外，其內(nèi)部材料還要能經(jīng)受得起各種滅菌劑的侵蝕。通過(guò)高效過(guò)濾器過(guò)濾的空氣可視為無(wú)菌空氣，但過(guò)濾僅是一種除菌手段，并沒(méi)有殺菌作用。由于室內(nèi)有人員、物料等污染源存在，潔凈室內(nèi)只要有微生物所需要的營(yíng)養(yǎng)源存在，在適宜的溫濕度條件下，就會(huì)使微生物大量生存、繁殖。因此，生物潔凈室的運(yùn)行管理決不可忽視消毒滅菌措施。
1.無(wú)菌制劑操作室的清掃滅菌
無(wú)菌室室內(nèi)設(shè)備、器具、傳遞窗及更衣室的清洗最好采用水洗，應(yīng)定期對(duì)壁板及各表面進(jìn)行消毒，對(duì)所使用的消毒液應(yīng)定期更換，以防細(xì)菌產(chǎn)生抗藥性而影響滅菌效果。也可采用紫外線燈或臭氧進(jìn)行消毒（要在非工作時(shí)間室內(nèi)無(wú)人時(shí)進(jìn)行），對(duì)典型部位應(yīng)增加滅菌次數(shù)。
2.非無(wú)菌制劑室的清掃滅菌
非無(wú)菌制劑潔凈室（如固體制劑生產(chǎn)車間）的清掃，分為日常清掃和生產(chǎn)完畢的清場(chǎng)清掃。對(duì)墻面、頂棚及設(shè)備外表面均可采用不掉纖維的抹布擦拭，地面可采用半干拖布擦拭。可用紫外線燈或臭氧進(jìn)行滅菌（要在非工作時(shí)間、車間內(nèi)無(wú)人時(shí)進(jìn)行），應(yīng)定期用酒精擦拭頂棚和墻壁。