一、微生物處理
微生物的生長繁殖相當快，許多細菌平均每20～30min分裂一次，酵母菌為1.5～2.0h分裂一次。一天時間內酵母可將1m3的營養物資轉變成30kg蛋白質，相當于18km2土地上經過3個月生長的豆類作物中所含的蛋白質。正因為微生物有上述特點，在飼料工業中興起了單細胞蛋白飼料的生產，也就是蛋白質含量高的微生物的生產。
目前以纖維素為原料生產單細胞飼料的工藝中，原料一般要經過預處理，包括粉碎和用化學物質處理，然后洗去多余的處理劑，再加適量的其他營養物質，然后進行發酵。
二、化學處理方法
利用氫氧化鈉、氨、尿素等堿性物質作用于纖維，使纖維細胞壁膨脹，提高滲透性，有利于酶對細胞壁中營養物質的作用，同時能把不易溶解的木質素變成易溶解的羥基木質素，破壞了木質素和營養物質之間的聯系，使半纖維素、纖維素釋放出來，有利于纖維分解酶或各種消化酶的作用，可大大提高纖維有機物的消化率和營養價值。如秸稈經堿化處理后，用于牛飼料，牛的采食量可提高20％～45％，消化率可提高20％。
三、有機廢棄物的無害化處理和肥料化
自然界有很多微生物具有氧化、分解有機物的能力。實踐證明:利用微生物在一定溫度、濕度和pH值條件下，使有機物發生生物化學降解，形成一種類似腐殖質土壤的物質，用作肥料和改良土壤，在熱力學上是完全可能的。這種利用微生物降解有機固體廢物的方法稱為生物處理法，一般又稱堆肥法。
根據堆肥過程中微生物對氧氣的要求不同，有機物堆肥處理可分為好氧堆肥法高溫堆肥和厭氧堆肥法兩種。