對于藥廠設計來說，藥廠的總體布置設計尤為重要，在《規范》第八條指出行政、生產和輔助區的總體布局應合理、不得相互妨礙，根據這個規定，結合廠區的地形，地質、氣象、衛生、安全防火、施工等要求，在進行制劑廠區總平面布置時應考慮以下原則和要求。
1、對于藥廠設計來說，藥廠廠區的總平面布置應符合國家有關工業企業總體設計要求，并應滿足環境保護的要求，同時應防止交叉污染。廠區規劃要符合本地總體規劃要求。
2、醫藥工業潔凈廠房應布置在廠區內環境整潔，且人流和貨流不穿越或少穿越的地段，并應根據藥品生產特點布局。藥廠廠區進出口及主要道路應人流與貨流貫徹分開的原則。潔凈廠房周圍、道路面層應選用整體性好、發塵少的材料。醫藥工業潔凈廠房周圍宜設置環形消防車道，如有困難，可沿廠房的兩個長邊設置消防車道。
3、藥廠廠區按行政、生產、輔助和生活等劃區布局。
4、行政、生活區應位于廠前區，并處于夏季最小頻率風向的下風側
5、藥廠廠區中心布置主要生產區，而將輔助車間布置在它的附近。生產性質相類似或工藝流程相聯系的車間要靠近或集中布置；
6、在藥廠設計中，潔凈廠房應布置在廠區內環境清潔、人流物流交叉少的地方。并位于最大頻率風向的上風側，與市政主干道不宜少于50m。兼有原料藥和制劑生產的藥廠，原料藥生產區應位于制劑生產區全年最大頻率風向的下風側“三廢”處理、鍋爐房等有嚴重污染的區域，應位于廠區全年最大頻率風向的下風側。（原料藥生產區應置于制劑生產區的下風側，青霉素類生產廠房的設置應考慮防止與其他產品的交叉污染）青霉素類等高致敏性藥品的生產廠房應位于其他生產廠房全年最大頻率風向的下風側。
7、運輸量大的車間、倉庫、堆場等布置在貨運出入口及主干道附近，避免人流、貨流交叉污染。
8、動力設施應接近負荷量大的車間，三廢處理、鍋爐房等嚴重污染的區域應置于廠區的最大頻率風向的下風側。變電所的位置考慮電力線引入廠區的便利。
9、在藥廠設計中，危險品庫應設于藥廠廠區安全位置，并有防凍、降溫、消防措施麻醉藥品和劇毒藥品應設專用倉庫，并有防盜措施。
10、動物房應設于僻靜處，并有專用的排污與空調設施。動物房的設置應符合現行國家標準《實驗動物環境及設施》GB/T14925等有關規定
11、對于藥廠設計來說，潔凈廠房周圍應綠化盡量減少廠區的露土面積，一般制劑廠的綠化面積在30％以上，鋪植草坪，不應種植易散發花粉或對藥品生產產生不良影響的植物。草坪可以吸附空氣中灰塵，使地面土不飛揚。鋪植草皮的上空，含塵量可減少2/3～5/6。草坪吸收空氣中CO2量為1.5g/（m2·h）如種花則因花粉散發而影響空氣潔凈度。
12、藥廠廠區應設消防通道，醫藥潔凈廠房宜設置環形消防車道。如有困難可沿廠房的兩個長邊設置消防車道。