對于藥廠設計來說，凈化車間的凈化空調是非常重要的設備，凈化空調的冷源選擇非常重要，冷源有電制冷冷水機組、溴化鋰吸收式制冷冷水機組和天然冷源（免費冷源）。
1.電制冷冷水機組
電制冷冷水機組的壓縮機有往復式（活塞式），螺桿式（分單螺桿、雙螺桿），離心式（有單級離心式、三級離心式和雙機頭組合式），渦旋式（有單機頭和多機頭模塊式）等。電制冷冷水機組的冷卻方式分水冷和風冷兩種。
選擇電制冷機時要考慮工程所需的冷量、制冷機的效率等因素。電制冷機的制冷劑有多種可選擇，應盡可能選擇高效、環保的制冷劑。
潔凈空調系統選擇電制冷冷水機組時，一般情況下要求供、回水的溫度為:出水溫度7℃，回水溫度12℃。當室內設計參數中的溫度和濕度偏低時，要求冷水機組進出水的溫度進行調整，出水溫度由7℃調整到5℃，回水溫度調整到10～12℃。要注意，當進出水溫度進行調整時，制冷機的制冷量也要進行調整，出水溫度低了，制冷量也降低。在選擇制冷機時要適當放大制冷機的型號。
也有采用直接蒸發式制冷形式來滿足室內偏低的溫濕度要求的做法，就是將蒸發器直接裝在空調箱里對空氣進行冷卻和去濕。這種做法中要注意的是，當蒸發器表面濕度低于0℃時會結霜，如果結霜就要有化霜的時間在化霜期間空調系統的送風溫度會發生變化，就不能滿足室內的溫濕度的要求。直接蒸發式制冷的方式只有在保證蒸發器表面不結霜的情況才可使用。還有一種情況就是潔凈室經常在冬季要求供的是冷風，這是因為潔凈室很少有外墻和外窗直接作為潔凈室的圍護結構，因此建筑造成的熱負荷量很小，再加上工藝設備的發熱量，形成了冬季要求供冷的情況。而采用電制冷機時，對冷卻水的水溫除了最高有限制外，對最低也是有限制的。一般情況是最高不超過37℃，而最低限制則各種品牌的機器要求不同，一般為13～19℃。全年運行制冷機在一年中空氣濕球溫度低于13～19℃的時間很長，此制冷機要啟動必須要有措施，使冷卻水的水溫保證不低于低溫限制，如將冷卻水供回水管進行旁通，利用制冷機和水泵的發熱量對冷卻水進行加熱或用蒸汽、電加熱對冷卻水進行加溫等。
2.溴化鋰吸收式制冷冷水機組
溴化鋰吸收式冷水機組有燃氣、燃油和利用余熱、蒸汽、熱水等幾種形式。溴化鋰吸收式冷水機組的制冷效率比較低，當工程所在地有余熱可利用（如有火力發電廠的蒸汽尾氣等），或者工程所在地電力資源缺乏而燃氣和燃油很充沛的情況下選擇溴化鋰冷水機組是合適的。溴化鋰吸收式冷水機組在一般情況下出水溫度會比電制冷機高一點，近幾年隨著溴化鋰吸收式制冷機制造技術的改進出水溫度也能做得較低。溴化鋰吸收式制冷機要保持出水溫度穩定而制冷量不下降，需要更好的維護和保養，同時在選擇溴化鋰吸收式冷水機組時要注意冷卻水的出水溫度較高，選擇冷卻塔時要求降溫的溫差較大，應該選用中溫冷卻塔。
3.天然冷源（免費冷源）
天然冷源適合于春秋季和冬季也需要供冷的潔凈空調系統。天然冷源可以是大氣，也可以是江河水、自來水和經過冷卻塔冷卻的循環水。當室外溫度低于室內溫度時，室外的空氣就可以被用來減少人工制冷的冷量。室外氣溫越低，人工制冷的制冷量越低，甚至可以完全利用室外空氣作冷源，這要做詳細的計算。如果在潔凈空調系統里利用室外空氣作冷源，必須對室外空氣進行過濾。空氣過濾的成本和人工制冷的成本要進行比較，在合理的情況下，可采用室外空氣作冷源，這在實踐中有成功的案例。
當室外濕球溫度較低時，用經過冷卻塔的循環水作為冷源，是提供免費冷源的一種很好的方法。對全年空調運行都要提供冷媒水的系統，利用這種免費冷源可大量降低運行費用，還降低了碳排放，是個一舉兩得的好事。利用這種天然冷源的通常做法是將冷卻塔循環的水通過板式換熱器和制冷系統的冷媒水進行熱交換，這樣可以避免進冷卻塔的水和大氣接觸，造成水質太差而影響制冷機的熱交換器正常運行。以這種形式作為冷源可以和電制冷結合起來使用。當室外空氣濕球溫度不能滿足冷媒水對水溫的要求時，可以開啟部分電制冷機，隨著室外濕球溫度的降低，可以逐步地將電制冷機減少運行量，直到電制冷機全部關閉。
這種形式的天然冷源（免費冷源）無論在國外還是國內都有很多成功的案例，初投資的增加很快就可以從減少的運行成本中回收。